مقدس ظاهر بود. بعضي كه آن را مشاهده و زيارت نمودند از هوش رفتند. مردم از اين قضيه مهم غريو و فرياد تكبير و شادي بلند نمودند و نذرها و نياز ها تقديم كردند و چون خبر به سلطان سنجر رسيد او نيز براي عتبه بوسي حركت كرد و پنجاه هزار دينار زر سرخ تقديم انجا و خادمان آن نمود و خواست صندوق را با خود به مرو ببرد و در آنجا دفن كند و بارگاهي بسازد ولي علما و همه مردم جداً مانع شده و تقاضا كردند در همانجا بماند و او از تصميم خود منصرف شد و ساختمان كوچك خشتي در آنجا نموده تصميم داشت بارگاه بسيار مجللي بربالای آن بسازد ولي به واسطه گرفتاري به جنگ و اسارت در دست غزان و كدورت زياد بعد از آن توفيق ساختمان آن نيافت و در سال 552 درگذشت. در زمان چنگيز خان كه در همه شهرهاي ايران قتل و غارت زيادي شد و به اماكن متبركه توهينها وارد آوردند و هتك حرمت نمودند و مردم بلخ را هم قتل عام نمودند بعضي از اهالي آنجا براي اينكه توهيني به روضه متبركه وارد نشود ساختمان سنجر را خراب نموده و آثار و علائم را از بين بردند و آنجا را به نام سابق خود تل علي ياد مي‌كردند و به اين ترتيب مجدداً نام آن محو شد و شهر بلخ هم بعداً روي آبادي نديد؛ تا آنكه در سال 885 طبق آنچه در حبيب السير و روضة الصفا نيز نوشته شده در زمان سلطنت سلطان حسين بايقرا كه امير بايقرا برادرش حكومت بلخ را داشت شمس الدين محمد از احفاد بايزيد بسطامي از كتابخانه ملتان هند تاريخي بدست آورد كه در زمان سلطان سنجر نوشته شده و قضيه مدفن حضرت را نيز شرح داده بود. شمس الدين محمد آن را به ميرزا بايقرا ارائه داد و او اعيان را جمع نموده و با حضور آنها شروع به كاوش كردند تا آنكه در همان تل آثار را ديدند و بعداً سنگ قبر ظاهر شد كه نوشته بود: ((هذا قبر اسد الله الغالب اخ رسول الله علي ولي الله)) و فرياد و غريو شادي مردم بلند شد و ميرزا بايقرا خدمت سلطان حسين پيكي فرستاد. سلطان نيز وزير خود امير عليشير را براي تحقيق فرستاد و او پس از زيارت آن مكان و مراجعت به هرات موضوع را تاييد نمود و سلطان حسين به زيارت آنجا حركت كرد و در آنجا غلطان غلطان و با گريه و زاري براي زيارت آمده و  مرض قولنج او رفع شد. بعداً خواست صندوق را به هرات نقل دهد ولي استخاره موافقت نكرد و علما هم نقل آن را توهين و هتك حرمت دانسته اجازه ندادند و سلطان حسين شروع به ساختن گنبد و بارگاهي در آنجا نمود و ابتداي وضع ساختمان فعلي توسط او انجام شد. و براي آباداني آن ساختمانهايي كرد و بازاري ايجاد نمود و صد خانوار از اعيان هرات را بدانجا فرستاد و نهري از رودخانه‌ي بلخ جدا نموده بدانجا آورده كه نهر شاهي موسوم گرديد و آن را وقف بر روضه‌ي متبركه نمود و توليت و نقابت را به سيد تاج الدين اندخویي واگذار كرد و نهر خضر آباد  هم كه سلطان سنجر وقف نموده بود و بعداً از بين رفته بود مجدداً حفر كرده و آب آورد ومردم از اطراف بدانجا روي آورده و ساختمانهاي زيادي نمودند و شهر بزرگي شد و به مزار شريف مشهور گرديد.